Находится в Ашинском районе, на северных склонах хребта Аджигардак. Вход в пещеру открывается на дне небольшой карстовой воронки. Сразу от него вниз идет крутонаклонная галерея, приводящая в первый зал. Из него в двух направлениях разветвляются ходы. Основной, идущий в северо-восточном направлении, имеет форму вытянутой вверх узкой щели. В 30 метрах от входа основная галерея раздваивается, и от нее на юго-запад отходит 60-метровый ход. В двух местах пол этого хода круто обрывается двух-трехметровыми уступами. Вообще для данной пещеры характерна резкая смена уклонов пола с положительного на отрицательный. Часты крутые спуски и подъемы, нередки отвесные уступы до двух-трех метров высоты.
От основной галереи (на 110 м) вновь отходят три ответвления. Два из них - на юго-запад, длина их составляет соответственно 40 и 50 метров. Третье ответвление на 15 метров тянется на восток. Основная же галерея через 50 метров, постепенно суживаясь, заканчивается тремя небольшими тупиковыми ходами. Общая длина ходов пещеры составляет 475 метров при общей глубине. 23,5 метра.
Пещера Комариная заложена на контакте двух различных по составу пород: известняка и песчаника. Именно в этой зоне контакта наблюдается сильная трещиноватость пород, и они оказались легкопроницаемыми для воды, что и привело, в конечном итоге, к образованию пещеры. Во многих местах пещеры основная галерея и ее боковые ответвления проходят точно по контакту, вскрывая под землей пласты песчаника. Подземные полости подобного рода встречаются довольно редко и, следовательно, могут представлять несомненный интерес для изучения их учеными и спелеологами.
